Echipa de fotbal Under-21 a Istanbul Bașakșehir, creată în 2014, este deținută de clubul sportiv Istanbul Bașakșehir. Echipa concurează în Liga U21 din Turcia, unde s-a clasat pe locul doi în sezonul 2018-19. Echipa este compusă în principal din jucători tineri și promițători, care au reprezentat cu succes Turcia la diferite niveluri de vârstă. Istanbul Bașakșehir U21 are un stil de joc ofensiv, cu accent pe posesia mingii și treceri rapide. Câțiva dintre jucătorii notabili ai echipei includ: Orkan Çınar, Deniz Türüç și Ali Akman.